为了实现从企业申报到海关审批电子化，中国电子口岸开发了“深加工结转”预录入系统。
深加工结转预录入系统的主要有申请表备案、收发货单登记、退货单登记、备案数据下载、综合查询等功能。
1、系统总体操作流程
1.1 一般保税货物深加工结转
一般保税货物深加工结转总体操作流程如下：
1、转出企业在结转申请表转出备案界面录入结转申请表转出方数据，申报成功入数据中心库；
2、数据中心入库成功，返回给转出企业结转申请表的电子口岸统一编号，转出企业将此编号通知转入企业；
3、转入企业在“备案数据下载”界面根据电子口岸统一编号下载转出企业申报的结转申请表；
4、转入企业在结转申请表转入备案录入界面根据电子口岸统一编号调出转出企业申请的申请表数据，并录入结转申请表转入方数据并申报；
5、转入企业申报的数据入数据中心库后，转出、转入企业申报的数据同时向海关转发，海关审批通过后，深加工结转申请表建立，返回给转出、转入企业结转申请表编号，结转企业可进行收发货操作；
6、转出企业在收发货单的发货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转出方发货登记数据，并向海关申报；
7、当转出企业发货登记被主管海关审批通过后，如果需对此发货登记进行撤消操作，则转至 8；如果不需对此发货登记进行撤消操作，则通知转入企业收发货单编号，转至 9；
8、查询到被海关审批通过的发货登记，确认需撤消此发货登记，单击“撤消”按钮，录入发货登记撤消原因，确认后发送发货登记撤消申请，海关审批通过后，发货登记撤消成功；
9、转入企业在“备案数据下载”界面根据“收发货单编号”下载转出企业申报的发货登记；
10、转入企业在收发货单的收货登记界面根据“收发货单编号”调出转出企业申报的发货登记，录入收货信息并向海关申报，海关审批通过后，此票收发货操作完成；
11、转出、转入企业在报关申报系统内申报出、进口报关单；
12、转入企业在退货单的退货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转入方退货登记数据，并向海关申报；
13、当转入企业退货登记被主管海关审批通过后，如果需对此退货登记进行撤消操作，则转至 14；如果不需对此退货登记进行撤消操作，则通知转出企业退货单编号，转至 15；
14、查询到被海关审批通过的退货登记，如确认需撤消此退货登记，单击“撤消”按钮，录入退货登记撤消原因，确认后发送退货登记撤消申请，海关审批通过后，退货登记撤消成功；
15、转出企业在“备案数据下载”界面根据“退货单编号”下载转入企业申报的退货登记；
16、转出企业在退货单的收退货登记界面根据“退货单编号”调出转入企业申报的退货登记，录入收退货登记，并向海关申报，海关审批通过后，此票退货操作完成。
17、在结转申请表经海关审批通过后，企业如果需要变更申请表，可以在申请表查询界面查询出该票申请表，选中后点击变更按钮进行数据变更。
1.2 出口加工区货物深加工结转
出口加工区货物深加工结转只能作为转出方，一般保税货物不允许结转进出口加工区，其总体操作流程如下：
1、转出企业在结转申请表转出备案界面录入结转申请表转出方数据，申报成功入数据中心库；
2、数据中心入库成功，返回给转出企业结转申请表的电子口岸统一编号，转出企业将此编号通知转入企业；
3、转入企业在“备案数据下载”界面根据电子口岸统一编号下载转出企业申报的结转申请表；
4、转入企业在结转申请表转入备案录入界面根据电子口岸统一编号调出转出企业申请的申请表数据，并录入结转申请表转入方数据并申报；
5、转入企业申报的数据入数据中心库后，转出、转入企业申报的数据同时向海关转发，海关审批通过后，深加工结转申请表建立，返回给转出、转入企业结转申请表编号，结转企业可进行收发货操作；
6、转出企业在收发货单的发货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转出方发货登记数据，并向海关申报；
7、当转出企业发货登记被主管海关审批通过后，如果需对此发货登记进行撤消操作，则转至 8；如果不需对此发货登记进行撤消操作，在收到卡口放行回执后则通知转入企业收发货单编号，转至 9；
8、查询到被海关审批通过（包括已过卡口和未过卡口）的发货登记，确认需撤消此发货登记，单击“撤消”按钮，录入发货登记撤消原因，确认后发送发货登记撤消申请，海关审批通过后，发货登记撤消成功；
9、转入企业在“备案数据下载”界面根据“收发货单编号”下载转出企业申报的发货登记；
10、转入企业在收发货单的收货登记界面根据收发货单编号调出转出企业申报的发货登记，录入收货信息并向海关申报，海关审批通过后，此票收发货操作完成；
11、转出、转入企业在报关申报系统内申报出、进口报关单；
12、转入企业在退货单的退货登记界面根据“申请表编号”调出结转申请表信息，录入转入方退货登记数据，并向海关申报；
13、当转入企业退货登记被主管海关审批通过后，如果需对此退货登记进行撤消操作，则转至 14；如果不需对此退货登记进行撤消操作，则通知转出企业退货单编号，转至 15；
14、查询到被海关审批通过的退货登记，如确认需撤消此退货登记，单击“撤消”按钮，录入退货登记撤消原因，确认后发送退货登记撤消申请，海关审批通过后，退货登记撤消成功；
15、转出企业在“备案数据下载”界面根据“退货单编号”下载转入企业申报的退货登记；
16、转出企业在退货单的收退货登记界面根据“退货单编号”调出转入企业申报的退货登记，录入收退货登记，并向海关申报，海关审批通过后，当出口加工区卡口放行后，此票退货操作完成。
17、在结转申请表经海关审批通过后，企业如果需要变更申请表，可以在申请表查询界面查询出该票申请表，选中后点击变更按钮进行数据变更。